iDeCoの年末調整のやり方｜控除証明書の書き方と届く時期【2026年版】

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こんにちは、JACK（2級FP技能士）です。

iDeCoの掛金を自分の口座から引き落としている会社員は、国民年金基金連合会から届く「小規模企業共済等掛金払込証明書」の合計金額を、給与所得者の保険料控除申告書の「小規模企業共済等掛金控除」欄に書き、証明書を添えて勤務先に出せば年末調整で控除されます。給与から天引きされている人は、毎月の給与計算ですでに差し引かれているため、この記入は要りません。

年末調整に間に合わなかった場合も、確定申告（還付申告）で取り戻せます。この記事では、証明書が届く時期、申告書の書き方、まだ引き落とされていない10〜12月分の扱い、忘れたときの手順、節税額の計算方法を、国税庁とiDeCo公式サイトの情報をもとに順番に説明します。

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まず確認：給与天引きか口座振替かで手続きが変わります

会社員や公務員（iDeCoの第2号加入者）の掛金の払い方には、本人名義の口座から引き落とす「個人払込」と、給与から天引きして勤務先が納める「事業主払込」の2つがあります。どちらも原則として、納付対象月の翌月26日（休業日の場合は翌営業日）に引き落とされます（iDeCo公式「加入手続きについて」、2026年9月30日確認）。年末調整で何をするかは、この払い方で決まります。

項目	個人払込（口座振替）	事業主払込（給与天引き）
掛金の払い方	本人の預金口座から引落し	給与から天引きし、勤務先の口座から納付
払込証明書	国民年金基金連合会から届く	発行の対象外
年末調整でやること	保険料控除申告書に記入し、証明書を添付	記入は不要（毎月の源泉徴収で差し引き済み）
控除されたかの確認先	年末調整後の源泉徴収票	給与明細と源泉徴収票

給与天引きの人が申告書に書かなくてよい理由

事業主払込の場合、勤務先は給与から掛金を差し引いたうえで毎月の源泉徴収税額を計算するので、控除はすでに効いています（iDeCo公式「事業主の方へ」、2026年9月30日確認）。国税庁の令和8年分の記載例でも、この欄には本人が直接支払った掛金を書き、給与から差し引かれた掛金は書かないと案内されています（国税庁「令和8年分給与所得者の保険料控除申告書の記載例」、2026年9月30日確認）。

反映されたかどうかは、源泉徴収票の「社会保険料等の金額」欄で確かめられます。小規模企業共済等掛金の額がこの欄に内書きされるためです（国税庁「令和7年分給与所得の源泉徴収票等の法定調書の作成と提出の手引」）。

自分がどちらか分からないとき

通帳に毎月iDeCo掛金の引落しがあれば個人払込、給与明細の控除欄に掛金が載っていれば事業主払込です。なお、自営業やフリーランス（第1号加入者）、専業主婦・主夫（第3号加入者）は個人払込で、控除は年末調整ではなく確定申告で受けます（iDeCo公式ライブラリ「所得控除について」、2026年9月30日確認）。

小規模企業共済等掛金払込証明書はいつ届く？

払込証明書は国民年金基金連合会が発行し、圧着ハガキで届きます。ハガキ、電子データとも例年10月下旬に一括発行され、その後に11月下旬、12月下旬、翌年1月下旬の追加発行があります（iDeCo公式ライブラリ「発行スケジュール」、2026年9月30日確認）。

2026年分（令和8年分）の具体的な発送日は、2026年9月30日時点ではまだ公表されていません。前年の令和7年分は次の日程でした。

発行の種類	ハガキ発送予定日	電子データ発行予定日	主な対象者（毎月定額で払う人）
一括発行	2025年10月23日	2025年10月20日から順次	1〜9月に払込実績がある人
追加発行1回目	2025年11月21日	2025年11月19日	10月に初回払込があった人、前回から金額が変わった人
追加発行2回目	2025年12月22日	2025年12月18日	11月に初回払込があった人、前回から金額が変わった人
追加発行3回目	2026年1月23日	2026年1月21日	12月に初回払込があった人、12月の引落しができなかった人など

出所は国民年金基金連合会「令和7年分の小規模企業共済等掛金払込証明書の発行時期と対象となる方」（2025年10月1日）です。2026年分の日程は、iDeCo公式サイトの「お知らせ」に掲載されます。

届かないときに確認すること

給与天引き（事業主払込）の人には、そもそも発行されません（上記の発行時期の案内の注記）。
1〜9月に一度も引き落とされていないと、10月の一括発行はありません。拠出が一時停止になっていないかも確認しましょう（国民年金基金連合会「控除証明書に関するよくあるご質問（令和7年版）」）。
送り先は登録住所です。引っ越した人は、加入している金融機関（運営管理機関）で住所変更が必要です（同）。
紛失した場合は運営管理機関に再発行を申し込みます。届くまで2週間程度かかり、一括発行後は今年分を含む過去5年分まで再発行できます（同）。

発送日や記載内容の問い合わせ先は、国民年金基金連合会コールセンター（0570-003-105、平日9時から17時）です（iDeCo公式、2026年9月30日確認）。

なお、マイナポータルと連携した「e-iDeCoサービス」に登録すれば電子データでも受け取れ、その場合も紙のハガキは届きます（iDeCo公式ライブラリ、同FAQ）。電子データを年末調整に使えるかは勤務先の仕組みしだいです。

保険料控除申告書の書き方（小規模企業共済等掛金控除欄）

記入する場所は、給与所得者の保険料控除申告書の右下にある「小規模企業共済等掛金控除」欄です。令和8年分の様式でも、この欄は掛金の種類ごとに4行に分かれています（国税庁「令和8年分給与所得者の保険料控除申告書」、2026年9月30日確認）。

証明書の「重要」と書かれたページで合計金額を確認します。合計金額は、本年9月までに払い込まれた金額と、10〜12月に払い込まれる予定金額を足したものです（iDeCo公式「控除証明書（見本）」）。
申告書の「小規模企業共済等掛金控除」欄から、「確定拠出年金法に規定する個人型年金加入者掛金」の行を探します。
その行の「あなたが本年中に支払った掛金の金額」に、証明書の合計金額をそのまま書きます（iDeCo公式「ご記入にあたっての注意事項」）。
欄の一番下の「合計（控除額）」に、この欄に書いた金額の合計を書きます。小規模企業共済の掛金なども払っている人は、それも合わせた金額になります。
証明書の「重要」のページ（開いたハガキの一番右側）を切り取って申告書に添付し、勤務先に提出します（国民年金基金連合会FAQ）。

提出期限は、法令上は「その年最後に給与等の支払を受ける日の前日まで」とされています（国税庁「A2-3 給与所得者の保険料控除の申告」、2026年9月30日確認）。実際には勤務先が決めた締切があるので、それに合わせて出してください。申告書のほかの欄も含めた全体の書き方は年末調整の書き方完全ガイドで、秋のうちに集めておく書類は年末調整の準備は秋からで解説しています。

まだ引き落とされていない10〜12月分はどう書く？

証明書には10〜12月分が払込予定金額として最初から含まれているので、申告書を書く時点で未払いの月があっても、合計金額をそのまま書けば足ります。

控除の対象はその年に実際に支払った掛金です（国税庁 No.1135、令和8年4月1日現在法令等）。iDeCoは翌月26日の引落しなので、1年間に払うのは前年12月分から当年11月分までです（iDeCo公式ライブラリ「月別指定（年単位）拠出の考え方」）。2026年分の控除なら、2025年12月分から2026年11月分が対象です。

2026年は12月26日が土曜日なので、11月分の引落しは12月28日（月）になります（iDeCo公式「加入手続きについて」の休日の扱いから計算）。予定金額で申告したあとに残高不足で引き落とされないと、その月は追納できず、確定申告で金額を直す必要が出てきます（iDeCo公式、国民年金基金連合会FAQ）。年末は口座残高に余裕を持たせておきましょう。

また、拠出限度額は2026年12月分（2027年1月引落し分）から引き上げられます（iDeCo公式「お知らせ」、2026年8月17日）。12月分から増額しても、その分は2027年の控除になります。掛金額の変更は原則1年に1回までなので、手順はiDeCoの掛金を減額・停止・再開する方法で確認してください（iDeCo公式、2026年9月30日確認）。

よくある記入ミス

「企業型年金加入者掛金」の行に書く（iDeCoは個人型の行です）
9月までの払込済額だけを書く（書くのは合計金額です）
給与天引きの掛金まで書く
証明書の添付を忘れる（金額の多少に関係なく必要です。国税庁「令和8年分年末調整のしかた」）

生命保険料控除の証明書も同じ申告書で出します

保険会社から届く生命保険料控除証明書も、同じ保険料控除申告書に書いて提出します。区分や計算式は生命保険料控除の仕組みと申告方法にまとめています。令和8年分からは、23歳未満の扶養親族がいる場合の生命保険料控除の特例が設けられている点も確認しておいてください（国税庁「令和8年分年末調整のしかた」、2026年9月30日確認）。

年末調整に間に合わない・忘れたときの対処法

翌年1月末までなら勤務先に相談

国税庁の「年末調整のしかた」では、年末調整後に保険料を支払った場合などは、源泉徴収票を交付する翌年1月末日まで年末調整をやり直せると説明されています。小規模企業共済等掛金などを、翌年1月末日までに証明書類を出す条件で年末調整に含める扱いも示されています（国税庁「令和8年分年末調整のしかた」43ページ、2026年9月30日確認）。出し忘れに気づいたら早めに勤務先へ相談し、難しければ確定申告に切り替えます。

確定申告（還付申告）で控除を受ける

年末調整を受けた会社員が控除を追加して税金を取り戻す申告は還付申告にあたり、確定申告期間とは関係なく、翌年1月1日から5年間提出できます（国税庁 No.2030、令和8年4月1日現在法令等）。2026年分なら2027年1月1日から出せます。副業などでもともと確定申告が必要な人は、原則として翌年2月16日から3月15日までの期間に申告します（国税庁 No.2020、同）。

源泉徴収票と払込証明書を用意します。2026年分以後の申告書を2027年1月1日以後に出す場合は、証明書の代わりに一定の事項を書いた明細書を添付することもできます（国税庁 No.1135）。
確定申告書等作成コーナーで、源泉徴収票の金額は「給与所得」の画面、源泉徴収票に入っていないiDeCoの掛金は「小規模企業共済等掛金控除」の画面から入力します（国税庁確定申告書等作成コーナー、令和7年分の案内）。
還付金の受取口座を指定し、e-Taxで送信するか印刷して税務署に提出します。

所得税の確定申告書は個人住民税の申告書も兼ねるため、住民税にも反映されます（国税庁 No.1155の注記、令和8年4月1日現在法令等）。

iDeCoでいくら節税できる？計算方法と具体例

iDeCoの掛金は全額が所得控除になるので、軽くなる税金はおおよそ「年間の掛金×（所得税率＋住民税率）」で計算できます。iDeCo公式サイトも、掛金が月1万円で所得税10%、住民税10%なら年間2.4万円の税金が軽減されるという例を示しています（iDeCo公式「iDeCoのメリット」、2026年9月30日確認）。より正確には、所得税額の2.1%にあたる復興特別所得税も軽くなります（国税庁 No.2260、令和8年4月1日現在法令等）。

計算例：会社員・企業年金なし・月2万3,000円の場合

勤務先に企業年金がない会社員の拠出限度額は月2万3,000円です（iDeCo公式「加入手続きについて」、2026年9月30日確認）。1年間に毎月2万3,000円が引き落とされたとすると、年間の掛金は27万6,000円です。iDeCoの控除を引く前の課税所得が300万円（所得税率10%）の人なら、次のようになります。

所得税：27万6,000円×10%＝2万7,600円
復興特別所得税：2万7,600円×2.1%＝約580円
住民税（所得割10%で計算）：27万6,000円×10%＝2万7,600円
合計：約5万5,780円

300万円から27万6,000円を引いても272万4,000円で、所得税率10%の区分（195万円から329万9,000円まで）に収まるため、この計算がそのまま当てはまります（国税庁 No.2260）。住民税の分は所得税のように還付されるのではなく、住民税の額が少なくなる形で反映されます。

同じ年27万6,000円の掛金で、所得税率ごとの目安を並べると次のとおりです。

所得税率（課税所得の区分）	所得税＋復興特別所得税	住民税（10%）	軽減額の目安
5%（1,000円から194万9,000円まで）	約1万4,090円	2万7,600円	約4万1,690円
10%（195万円から329万9,000円まで）	約2万8,180円	2万7,600円	約5万5,780円
20%（330万円から694万9,000円まで）	約5万6,360円	2万7,600円	約8万3,960円
23%（695万円から899万9,000円まで）	約6万4,810円	2万7,600円	約9万2,410円